국세청의 종합소득세 계산법이 장부를 적는 사업자에게 더 불리한 것으로 파악됐다.

감사원은 국세청과 기획재정부를 대상으로 경비율제도 등 운영실태를 감사한 결과를 20일 공개했다.

감사원은 ▲경비율제도 ▲소득상한배율제도 ▲복식부기 의무자 추계신고 및 사후처리 ▲추계조사 결정 기준 ▲경비율 적용 판단기준 등 5개 분야에서 제도개선이 필요하거나 업무처리를 소홀히 한 사실이 확인됐다고 밝혔다.

경비율제도는 사업자가 장부를 기재하지(기장·記帳) 않더라도 증빙서류가 있는 주요경비(매입비용, 임차료, 인건비)는 인정하고, 주요경비 이외의 비용은 국세청이 업종별로 정한 기준경비율에 의해 일률적으로 인정해 종합소득세를 계산하는 방식으로, 2002년 도입됐다.

감사원은 "장부를 적지 않는 '무기장 사업자'의 소득금액을 추정할 때 적용하는 경비율이 기장사업자의 평균 경비율보다 높게 적용돼 무기장 사업자에게 더 유리한 것으로 나타났다"며 "이 때문에 무기장 사업자의 수가 줄어들지 않는 것"이라고 지적했다.

감사원은 국세청장에게 "무기장 사업자의 세부담이 기장사업자보다 유리하지 않도록 기준·단순경비율을 업종과 기업의 특성에 따라 산정한 평균 경비율보다 낮은 수준으로 정하라"고 통보했다.

아울러 복식부기 의무자가 세무조사 회피나 세금 경감 등 목적으로 추계(추정)신고하는 데 대해 기재부가 무신고 가산세 부과 등 불이익조치를 하고 있으나 실효성이 없는 것으로 감사결과 드러났다.

감사원은 기재부 장관에게 복식부기 의무자의 추계신고가 줄어들도록, 신고요건을 제한하거나 무신고 가산세를 조정하는 등 방안을 마련하라고 통보했다.

감사원은 2012년∼2015년 종합소득세 추계신고 내용을 분석해 426명이 25억여원의 세금을 덜 낸 사실을 확인했다며 국세청장에게 이를 징수하라고 통보하고, 세원관리 업무를 철저히 하라고 주의 조치했다.