[질 의]
각사업년도 법인세 신고와 관련하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 함에 있어 1) 2003년 이전 발생분 이월공제액과 2004년 이후 발생분 이월공제 대상금액이 있는 경우, 2003년 이전 이월공제액 중 최저한세 한도까지만 공제한 후 잔액을 남기고, 2004년 이후 발생분 이월공제액(최저한세 배제)으로 공제할 수 있는지요.

2) 반드시 발생 순서대로 공제하여야 한다면 2003년 이전분 중 최저한세 한도까지만 공제한 후 미공제 잔액을 포기하여 추후 공제를 안받고 2004년 이후 발생분 이월공제액을 공제 받을 수 있는지요.

[답 변] 
연구 및 인력개발비세액공제는 2003년분까지는 최저한세 적용대상이나 2004년분부터는 최저한세를 적용하지 않는바, 동 세액이 함께 있는 경우에는 전기 이월된 최저한세 대상 세액공제액을 발생 순서에 따라 최저한세 한도 범위 내에서 먼저 공제한 후, 최저한세를 적용하지 않는 공제세액 역시 발생 순서에 따라 공제하여 납부할 법인세액과 이월될 세액공제액을 계산하는 것이며, 최저한세 적용이나 산출세액을 초과하여 공제받지 못한 세액은 조특법 제144조 규정에 따라 그 다음 사업연도부터 이월공제 가능 기간동안 공제받을 수 있는 것입니다.

또한 최저한세의 적용으로 인하여 해당 세액 공제를 이월한 경우로서 그 이후 사업연도에 이월세액 공제를 적용받을 수 있음에도 적용받지 않은 경우에도 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 이월공제세액은 당초 공제적용 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 이월공제가능기간이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있는 것입니다.

(서이-9, 2005.01.03), (서이-2764, 2004.12.28), (서이-1942, 2004.09.17) 참조.

[질 의]
12월말 결산법인이 2001년도에 임시투자세액을 적용하였으나 최저한세로 인하여 이월세액이 발생하였음. 2002년도에 소득이 발생하였으나 해당 이월세액을 전혀 공제하지 아니하고(당해연도에 감면세액을 하나도 적용하지 아니하였음), 2003사업연도에 2001년도의 임시투자세액공제 이월세액 전액(최저한세 범위 내)을 공제하였는바, 적정한 세무처리에 해당하는지요.

[답 변] 
귀 질의의 경우 조세특례제한법 제26조의 규정에 의한 투자세액공제를 적용받은 법인이 같은법 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 인하여 해당 세액의 공제를 이월한 경우로서 그 이후 사업연도에 이월세액의 공제를 적용받을 수 있음에도 적용받지 않은 경우에도 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당초 공제적용 과세연도의 다음 과세연도개시일부터 5년 이내(2001. 12. 29. 개정 전에는 4년)에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있는 것임.

- 김재구 세무사

세무사신문 제435호(2006. 4. 18)