국세청은 세법해석과 관련된 소송사건이 대법원 판결로 패소가 확정되면 대법원과 과세관청의 세법규정 해석 차이를 해소하기 위해 국세기본법 시행령에 따라 기재부에 관련 세법규정의 해석 또는 재해석을 요청하는 등 사후조치를 해야 한다.

감사원은 2014년 이후 행정소송에서 국세청이 대법원의 새로운 세법해석으로 패소한 이후 기재부에 해석을 요청할 때까지 소요기간이 평균 289일, 기재부에 요청한 시점부터 회신까지는 평균 198일이 걸린 것으로 확인했다.

대법원 판결 이후 짧게는 124일, 길게는 1천72일, 평균 487일 뒤에야 기재부의 '세법 해석'이 나왔다.

감사원은 "해석요청이 신속하게 이루어지지 않는 것은 대법원 판결 이후 해석요청 없이 방치하다가 민원인 등의 질의요청을 받고서야 해석요청을 하는 등 소극적으로 대응한 것을 원인으로 볼 수 있다"고 설명했다.

더구나 감사원이 분석한 13건 중 5건은 대법원이 패소 판결한 취지를 반영해 기존 예규를 변경했으나, 8건은 기존 예규를 고치지 않았다.

감사원은 "국세청이 대법원 판결로 패소한 경우, 판결 내용에 명백한 오류 등 합리적 사유가 없으면 대법원 판결 취지를 따르는 것이 타당함에도 국세청과 기재부가 상충하는 예규를 존치해 동일쟁점에 대해 반복적으로 이의가 제기되는 등 혼란이 초래되고 있다"고 강조했다.

일례로, 국세청의 예규는 '뇌물·알선수재·배임수재로 받은 금품을 동일 과세기간 내에 제공자에게 반환하지 않은 경우 기타소득으로 과세해야 한다'고 규정했다.

대법원은 2015년 7월16일 '추징·몰수 등으로 불법소득이 상실된 경우 납세의무 부담에서 벗어날 수 있다고 봐야 한다'고 판결했다.

국세청은 판결이 나오고 1년이 지난 2016년 6월30일에서야 기재부에 해석요청을 했고, 기재부는 올해 3월2일 대법 판결취지를 반영해 예규를 변경하라고 회신했다.

그 사이 6개 세무서는 뇌물 등 불법소득이 몰수됐음에도 소득세 3억5천400만원을 부과했고, 납세자 6명은 전원 불복절차를 밟았다.

또 '유상증자에 따른 희석효과'와 관련해 기재부는 대법원 판례에도 불구하고 기존 예규를 고치지 않는 게 맞는다고 국세청에 회신했고, 이후 국세청은 이의신청 7건 중 4건을 인용하는 등 일관성이 없게 결정을 내렸다.

감사원은 국세청장에게 "세법해석이 쟁점이 된 소송사건에 대해 대법원 판결로 패소가 확정된 경우 기재부에 신속하게 관련 세법규정의 해석을 요청하고, 같은 쟁점에 대한 다수의 경정청구가 예상되면 처리방안을 마련하라"고 통보했다.

이어 "소송 진행 중에 과세처분을 직권취소하거나 대법원이 선행판례 등을 사유로 심리 불속행으로 판결한 소송사건의 경우에도 예규변경 등 필요한 조치를 하고, 대법원 판결 이후 기재부 해석이 대법원 판결취지와 상충해 과세처분 유지가 어려울 때는 재해석을 요청해 국세행정의 신뢰성을 제고하라"고 덧붙였다.

이밖에 감사원은 세법과 관련해 대법원 판례가 없는 새로운 쟁점 소송의 경우 법령해석을 총괄하는 국세청 본청에서 대응·관리할 필요가 있는데도 지방청이 독자적으로 대응하다 패소하는 문제가 있다고 지적했다.