의료기기 전문업체 세라젬이 서울지방국세청을 상대로 낸 ‘세무조사결정 행정처분 취소소송’에서 최종 승소했다.

서울고법 제1행정부 (재판장 곽종훈)는 7일 서울고법 제1별관 대법정에서 선고공판을 열어 “대법원 판결 취지에 따라 이 사건, 세무조사결정 행정처분 취소 처분은 직권 취소됐다”면서 “1심 판결 중 2010년 부가세 처분과 피고 패소 및 2012년 3월 원고의 세무조사 금액 결정 중 법인세 부분 추가 소송에 대한 총 비용은 피고가 부담한다”고 판결했다.

앞서 세라젬은 2006~2010년 사업연도에 대한 세무조사 이후, 연달아 세무조사를 받게 되자 거듭 이뤄진 세무조사는 재조사에 해당된다며 이를 취소해 달라고 서울지방국세청을 상대로 소송을 낸 바 있다.
이에 1심에서는 “납세자 권리침해를 일으킬 수 있기 때문에 일부 항목에 대한 재조사는 부당하다”고 원고 일부승소 판결을 했으나, 2심은 “세무조사는 조사내용이 다른 경우에는 재조사에 해당되지 않다”고 판결했다.

그러나 대법원에서는 부분적인 세무조사 이후 다른 항목에 또다시 세무조사가 이뤄진 것이라면 국세기본법이 금지하고 있는 세무 재조사에 해당된다고 전제하며, 이는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있기 때문에 원고전부승소 취지의 판결을 내리고 해당 사건을 서울고법으로 다시 돌려보냈다.