연말정산 일부 항목에 대한 세액공제 폭 확대 조치의 소급적용이 이뤄지기까지 상당한 난관이 예고되고 있다.

정부여당이 합의한 대로 4월까지 세법 개정을 하는 과정에서 극심한 진통이 전망되는 데다 소급적용분을 납세자들에게 돌려주기까지 행정적 부담이 적지 않을 것으로 보인다.

26일 당국과 정치권에 따르면 우선 연말정산이 완료되는 3월에 연말정산 결과를 분석하고 이를 세법에 반영해야 한다. 이 과정에서는 예산에 미치는 영향을 고려해야 하는데다, 납세자 간 형평성 문제도 감안해야 한다. 4월에는 세법 개정안을 내야 하는데 시간이 촉박하다.

추가 환급을 통해 정부 세입이 줄어들게 되는 만큼, 부족한 세수를 보충하기 위해 다른 법의 개정을 통한 세수 확대 방안을 찾을 수 있는데, 이에 따른 논란이 발생할 수 있다.

한 법학전문대학원 교수는 "소득세가 기간과세인 속성을 갖고 있어 연간 단위 재정지출의 부족분을 다른 세목으로 메워야 하는데, 이 과정에서 다른 법을 개정하게 되면 관련 경제주체들이 반발할 수 있다"고 말했다.

납세자 간 형평성 문제에 대해서도 박훈 서울시립대 세무전문대학원 교수는 "상대적으로 혜택을 받지 못한 납세자들이 조세 공평의 문제를 제기해 사회적 논란이 이어질 수 있다"고 우려했다.

특히 가능성이 낮지만 세 부담이 늘어나게 되는 납세자가 생길 경우, 위헌 시비가 발생할 수 있는 점도 세법 개정안 설계과정에서 부담되는 대목이다.

행정력 낭비와 과부하도 문제다. 추가환급이 이뤄질 것으로 예상되는 5월에는 종합소득세 신고가 있어 행정력이 부족할 수 있다.

국세청 관계자는 "집행기관으로서 해야할 일이 있으면 당연히 수행해야 한다"면서도 "업무적으로 어려운 시간이 될 것"이라고 말했다.

현재 추가 환급 방식으로 유력해 보이는 급여통장을 통한 환급은 원천징수 주체인 기업에도 부담을 줄 수 있다. 이를 위해서는 회사 시스템에서 연말정산이 진행되기 때문이다. 회사도 연말정산 업무를 두 번 하게 되는 셈이다.

급여통장 외 방식으로 검토 중인 종합소득세 신고에 맞춰 추가 환급 절차를 진행하게 되면 더욱 혼란이 초래될 것으로 보인다. 대부분 근로소득자에게 종합신고가 생소하기 때문이다.

납세협력비용 증가도 우려스러운 부분이다. 납세협력비용이란 세금을 신고·납부하는 과정에서 발생하는 경제적·시간적 비용이다.

국회의 세법 개정 과정에서도 진통이 예상된다. 여야가 세법 개정 자체에는 찬성하는 입장이지만, 구체적 방법론을 두고는 시각차가 크다.

새누리당은 세법 개정안에 대해 당정협의를 통해 합의한 자녀세액공제 확대, 연금보험료 공제율 상향, 출생·입양공제 재도입에 머물러야 한다는 입장이다.

그러나 새정치민주연합은 교육비외 의료비의 공제 조정과 함께 법인세 인상까지 들고 나섰고, 양대 노총까지 참여하는 4자 협의기구까지 주장하고 있어 입법 과정에서 여야 간 치열한 논란이 예상된다.

여당 내 반대 여론도 넘어야 할 산이다. 새누리당 소속인 정희수 국회 기획재정위원장은 "소급적용은 원칙에 안 맞고, 형평성 시비로 더 시끄러워질 수 있다"고 부정적인 견해를 밝힌 바 있다.

일부 경제통 의원들도 공개적으로 반대 의사를 밝히고 있어 기재위 논의 단계에서부터 갑론을박이 예상된다.

기재위 새누리당 간사인 강석훈 의원은 "입법과정에서 여러 난제가 있겠지만, 세법 개정에 대해 공감대가 형성돼 있는 만큼 궁극적으로 개정이 이뤄질 것으로 기대한다"고 말했다.