고용 창출 투자에 대한 세액 공제를 고용 증가에 비례하게 조정하고 세금우대 저축의 혜택은 서민과 취약계층에 집중되도록 정비해야 한다는 의견이 제시됐다.

전병목 한국조세재정연구원 연구위원은 1일 연구원이 은행회관에서 개최한 '2014년 일몰 예정 비과세·감면제도 정비 방향' 공청회에서 이런 의견을 밝혔다.

정부는 공청회에서 제시된 의견과 여론 수렴 결과를 반영해 올해 세법 개정안에 포함될 비과세·감면 방안을 마련할 예정이다.

전 연구위원은 "올해 일몰 예정인 53개 비과세·감면 제도 중 상위 10개 조세 특례가 감면액 기준으로 98.7%(7조7천억원)를 차지한다"면서 "중요 제도를 중심으로 정비 방안을 구성할 필요가 있다"고 밝혔다.

그는 고용창출투자세액공제의 기본공제는 고용창출 유도라는 제도의 원래 목적과 맞지 않는 측면이 있어 고용과 투자의 연계성을 높이려면 공제 수준을 고용증가에 비례하도록 조정해야 한다고 지적했다.

이를 위해 고용과 무관한 기본공제율은 내리고 고용 증가에 비례하는 추가 공제율을 올려야 한다고 전 연구위원은 밝혔다.

고용창출투자세액공제는 내국인이 올해 말까지 사업용 자산에 투자하고 고용을 유지하면 투자금액의 1∼4%를 세액공제 해주고 고용증가에 비례해 최대 3%까지 추가 공제해주는 제도다. 올해 일몰 대상 상위 10개 국세 감면 제도 중 감면액이 1조8천460억원(2013년)으로 가장 많다.

기업 규모, 투자 장소, 투자금액에 따라 결정되는 기본공제는 1∼4%로 차등화돼 있지만, 고용증가에 비례하는 추가공제는 기업 규모나 투자 장소와 관계없이 3%로 동일해 고용창출 유도라는 목적과 맞지 않다는 지적이 있다.

현재 기본공제율은 수도권 내 대기업은 1%(수도권 밖 2%), 중견 기업은 2%(수도권 밖 3%), 중소기업은 소재지 관계없이 4%가 각각 적용된다.

전 연구위원은 지역 경제 활성화와 서비스업에 대한 세제 지원을 위해 수도권 밖의 지방에 투자하는 기업이나 고용 잠재력이 높은 서비스업 기업에 대해서는 추가공제율을 인상할 필요가 있다고도 말했다.

그는 세금우대종합저축에 대해서는 재산·소득 기준을 도입해 고액 자산층이 서민·취약계층 대상 제도의 혜택을 받지 못하도록 재설계하거나 취약계층 지원에 초점을 맞춰 생계형 저축과 연계해 정비할 필요가 있다고 밝혔다.

세금우대종합저축 제도는 20세 이상 내국인 모두에게 저축액 1천만원까지 이자·배당 소득을 9%로 분리과세하고 있어 지원 목적이 불분명하다는 지적이 있다.

전 연구위원은 하지만 과거보다 낮은 저축률을 높이기 위해 세금우대종합저축의 일몰을 연장할 필요도 있다고 말했다.

공청회에 참석한 문창용 기획재정부 조세정책관은 "세금우대종합저축에는 20세 이상 성인 대부분이 가입해 있어 세제 지원제도의 의미가 퇴색한 측면이 있다"며 "고령화 시대에 맞춰 연금저축 등에 '선택과 집중'의 지원을 하려 한다"고 말했다.
성명재 홍익대 교수는 "세금우대종합저축은 저축 장려를 목적으로 도입됐으나, 저축할 자산이 부족한 저소득층에 대한 지원 효과는 미미한 것으로 보인다"며 "지금이 이 제도를 폐지할 수 있는 적기"라는 의견을 제시했다.

전 연구위원은 신용카드 매출 세액 공제에 대해서는 최근의 소비 위축 등 사업자의 어려운 경영사정을 고려해 우대 공제율 적용을 추가 연장하는 방안을 검토할 수 있다고 밝혔다.

연장하는 경우에도 영세 사업자에 대한 가맹점 수수료율 인하 등을 고려해 매출액 규모별로 공제율을 차등해 단계적으로 축소하거나 공제 한도를 축소하는 방안을 동시에 고려할 필요가 있다고 그는 지적했다.

신용카드 매출 세액 공제는 거래 투명화에 따른 비용 부담 완화를 위해 소매·음식·숙박 등 소비자 대상 업종의 사업자가 신용카드(현금영수증) 등으로 결제받을 때 결제액의 일정 비율을 부가가치세 납부세액에서 공제해주는 제도다.

이날 공청회에서는 올해 일몰 대상인 신용카드 소득공제에 대한 의견도 나왔다.

문창용 조세정책관은 "신용카드 소득공제율을 줄였는데도 카드 사용액이 줄어들지 않은 것으로 나타났다"며 "신용카드 관련 소득공제제도가 나름의 역할을 다했다는 판단이 들어 이 제도를 어떻게 끌고나갈지 고민 중"이라고 말했다.
기업의 연구·인력개발(R&D) 비용 세액공제도와 관련해서는 대기업의 증가분 방식 공제율을 하향 조정하고 중견기업 구간을 신설해 중견기업에 대해서는 기존 수준의 혜택을 유지하는 등 기업 간 형평성을 높여야 한다고 전 연구위원은 주장했다.

그는 연구개발비 중 인건비 공제 대상도 연구 전담 요원으로 한정할 필요가 있다고 덧붙였다.

전 연구위원은 농협, 수협, 새마을금고 등 협동조합 등에 대한 법인세 과세 특례와 관련해서는 과세 표준 산출방식을 중장기적으로 일반 법인 수준으로 적용하는 방안과 세율 구조조정을 하는 방안, 이 두 가지를 동시에 개편하는 방안 등을 추진해 투명한 구조로 지원이 이뤄질 수 있도록 해야 한다고 말했다.

이밖에 그는 중고차 부가가치세 의제매입세액 공제제도의 공제율을 단계적으로 축소할 필요가 있다는 의견도 제시했다.

비과세·감면 제도는 여러 긍정적 효과가 있지만 세입 기반 약화, 세제의 중립성과 형평성 훼손 등 문제점이 있다는 지적을 받아왔고 정부는 내년부터 신규 조세특례와 일몰 예정인 조세특례에 대해서는 평가를 의무화해 도입과 일몰 연장 여부를 결정하기로 했다.