정부가 '무늬만 지방이전'인 기업에도 세금을 대폭 깎아주는 등 현행 세금감면 제도를 부실, 방만하게 운용해 온 것으로 나타났다.

    감사원은 1일 기획재정부와 국세청, 관세청을 대상으로 지난 2월부터 한 달간 정부의 조세감면제도 운용실태를 감사한 결과를 공개했다.

    감사원에 따르면 지주회사인 A사는 지난 2009년 3월 제주도로 이전한 후 2011년까지 2년간 법인세 1천888억원을 감면받았다.

    그러나 A사는 2005년부터 게임개발업체인 B사를 중심으로 기업을 경영해왔기 때문에 2009년 제주도 이전 당시에는 고작 9명의 직원만이 근무했던 것으로 드러났다.

    계열사인 B사 직원이 당시 760명에 이르는 상황에서 9명에 불과한 A사의 제주 이전만으로는 지역경제에 이바지하기 어려운데도 감세 혜택을 받았다고 감사원은 지적했다.

    감사원은 또 베트남과 중국의 현지법인을 통해 모든 사업이 이뤄지는 수출업체가 지난 2010년 충남 천안으로 본사를 이전한 뒤 법인세 44억언을 감면받았다고 밝혔다.

    이와 함께 8년 이상 경작한 자경농지(소유자가 직접 경작하는 농지)를 팔 때 양도소득세를 감면해주는 제도가 애초의 취지와 달리 고소득 부농에까지 남발된 사실도 이번 감사에서 드러났다.

    감사원이 2011년분 양도소득세 면제자 중 5천만원 이상의 세금을 감면받은 7천286명을 분석한 결과 감면액 1억원 이상인 사람이 전체의 98%인 7천139명으로 집계됐다.

    특히 감면액 5억원 이상인 사람이 23%인 1천647명에 달했으며, 농업 외 소득이 10억원이 넘는 양도자도 52명에 이르는 등 영세 소농으로 보기 어려운 다수의 양도자가 감면혜택을 받았다고 감사원은 지적했다.

    감사원은 이와 같은 세금감면 제도 부실 운용 사례 17건을 적발해 기획재정부장관 등에게 제도 보완책을 마련하거나 제도 운영과정에서 주의할 것을 요구했다.