사업자가 지점의 매출을 본점 매출로 세금계산서를 발행해 본점 관할 세무서장에게 신고하는 경우에는 부가세 신고 의무를 이행한 것으로 볼 수 없다는 판결이 나왔다.

20일 국세청에 따르면 대법원은 최근 A사가 마포세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과 처분 취소 소송 상고심에서 이같이 판결했다.

A사는 컴퓨터 하드웨어, 소프트웨어 제조, 수입, 중개 등을 하는 외국인 투자법인으로 2005년 2기부터 2010년 1기까지의 부가세 과세 기간의 공급가액 168억원에 대해 본점에서 세금계산서를 발행하고 부가세를 신고, 납부했다.

그러나 마포세무서는 A사가 본점과 다른 별도 사업장임에도 사업자등록을 하지 않았다며 사업자 미등록 가산세, 세금계산서 미교부 가산세, 무신고 가산세, 납부 불성실 가산세 등을 적용한 부가가치세 16억7천여만원을 결정·고지했다.

이에 A사는 "조세회피 의도를 갖고 신고 및 납부 등의 의무를 불이행한 것이 아니라 단순 착오로 본점 소재지에서 매출세금 계산서를 발행하고 부가세를 신고·납부했던 것"이라며 "납부 세무서만 달라졌을 뿐 과세 당국 입장에서는 재정수입 손실이 없었던 만큼 납부불성실가산세 부과는 부당하다"고 소송을 제기했다.

이에 대해 대법원은 "사업자가 지점에 관해 별도의 사업자등록을 하지 않아 지점의 공급가액을 본점의 공급가액에 포함시켜 부가세를 계산하고 본점 관할 세무서장에게 신고했어도 지점의 부가세 신고의무가 이행된 것으로 볼 수 없다"고 밝혔다.

대법원은 "이는 동일한 납세의무자라도 사업자단위 과세사업자가 아니면 사업장마다 사업자 등록을 하고 그 사업장마다 부가세를 별도로 계산해 신고·납부해야 하기 때문"이라고 설명했다.

국세청 관계자는 "사업자단위 과세사업자는 사업장이 둘 이상인 사업자가 사업자 단위로 세금을 내겠다고 본점이나 주사무소 관할 세무서장에게 등록한 사업자를 말한다"며 "이런 경우에만 각 사업장을 대신해 본점이나 주사무소의 관할 세무서에 부가세를 납부할 수 있다"고 말했다.