정부는 2013년 세법개정으로 그동안 과도한 세제 혜택을 누렸던 부분에 메스를 댄다.

회색지대로 남아있던 공무원의 '직급보조비'에 소득세를 부과하고, 한동안 폐지됐던 농업소득세도 부활시킨다. 식재료를 구입하는 영세 음식점에 부가세를 깎아주는 범위도 대폭 줄인다.

공무원 직급보조비는 '공무원의 수당 등에 규정'에 따라 모든 공무원에게 직급에 따라 지급되는 보조비다.

대통령은 한 달에 320만원, 장관은 124만원, 차관 95만원을 받지만 기능직 10급의 보조비는 9만5천원에 불과해 직급별 차이가 크다. 2011년 공무원에게 지급된 직급보조비는 1조4천707억원이다.

2011년 10월 국정감사에서 당시 박재완 기재부 장관은 직급보조비가 "개인에게 지급되기는 하지만 생계에 보탬이 되기보다는 자기 직무와 직급을 수행하는 경비로 봐야 한다는 주장에 따라 물건비로 분류되고 있다"며 비과세 이유를 설명했다.

하지만 민간의 직급보조비는 근로소득으로 보고 세금을 매기고 있어 과세 형평성 문제가 제기돼 왔다.

이에 정부는 근로소득(근로를 제공함으로써 받는 봉급·급여·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여)의 범위에 '공무원 직급보조비' 항목을 추가하고, 2015년 이후 발생하는 소득분부터 과세하기로 했다.

다만, 과세 형평성 논란이 컸던 '맞춤형 복지포인트'에는 과세하지 않기로 했다.

1인당 연간 30만원씩 근속 연수에 따라 1만원씩 더해지는 복지포인트는 연간 5천억원 규모로 지급되고 있다.

기재부 관계자는 "복지포인트는 복리후생비와 성격이 유사해 과세하지 않기로 했다"며 "복지포인트는 쓸 수 있는 곳이 제한돼 급여만큼 사용이 자유롭지 못하고 민간의 사내복지기금과 성격이 비슷하다"고 말했다.

통합진보당 김재연 의원에 따르면 직급보조비와 복지포인트에 모두 과세할 경우 연간 4천463억원의 세금이 걷힌다.

공무원의 국외근로소득 비과세 범위도 일반 근로자와 동일한 100만원으로 2015년부터 조정한다.

공무원, 대한무역진흥공사(KOTRA), 한국관광공사, 한국국제협력단(KOICA) 직원들은 국외근무수당 중 국내 근무시 받을 금액의 초과분에 비과세 혜택을 누려왔다.

농민 과세는 부활한다. 고소득 작물재배업자에게도 2016년부터 소득세(국세)를 물린다.

그동안 농업에 대한 세금은 농지세(지방세) 형태로 부과되다가 2000년 농업소득세(지방세)로 이름이 바뀌었고, 세수효과가 적어 실효성이 없다는 이유로 2004년 과세가 중단된 이후 2010년 폐지됐다.

그러나 어업·축산업 종사자는 소득세를 내고 있다. 영농이 과학화되면서 연간 소득 1억원이 넘는 농업인도 늘어나는 추세다.

정부는 우선 채소·화훼·과실·인삼·묘목 등 고부가가치 작물재배 농가 중 수입금액이 연간 10억원을 초과하는 부분에 사업소득세를 매길 방침이다. 쌀·보리 등 식량작물은 제외한다.

소득 파악을 위해 납세 대상자는 매년 사업장 현황신고와 종합소득세 확정신고를 해야 한다.

아울러 고소득 작물재배업에 해당하는 영농조합법인과 농업회사법인도 기존의 비과세에서 과세하는 것으로 방침을 확정했다.

농·수산물 의제매입세액공제는 공제 한도를 설정한다.

지금은 농·수산물을 가공·판매하는 사업자에게 농산물 구입액의 1.96~7.41%를 부가세에서 깎아주고 있다. 공제 한도가 없어 농수산물 매입액을 부풀려 신고하는 등 부작용이 잇따랐다.

통계청에 따르면 2010년 음식점업의 매출액 대비 매출원가(농수산물 포함) 비중은 37%에 그치지만, 실제 신고가 들어오는 것은 농수산물 매입액 비중만 40%에 육박한다.

이에 앞으로는 매출액의 30%에 해당하는 농수산물 매입액까지만 공제 혜택을 줘서 부당 공제 문제를 해결할 방침이다.