앞으로 중·고액 근로소득자의 의료비, 교육비 공제혜택이 최대 4분의 1로 줄어든다.

반대로 현재 6%의 세율을 적용받는 과표기준 1천200만원 이하 근로자는 혜택규모가 다소 늘어난다.
정부는 또 목사와 스님 등 종교인들의 소득에 과세하는 방안을 놓고 종교계와 막바지 이견조율 중이다.

대신 소액주주를 대상으로 주식 양도차익에 과세하는 방안은 추진하지 않기로 했다.

31일 정부에 따르면 기획재정부는 이같은 내용을 골자로 한 '2013년 세법개정안'을 마련하고 당정협의를 거쳐 내달 8일 세제발전심의위원회에 상정키로 했다.

정부 관계자는 "현재는 근로자 소득공제 항목 중 의료비와 교육비를 비용으로 인정해 총급여에서 빼지만 내년부터는 총급여에 포함해 세액을 산출한 뒤 일정 비율을 세액공제방식으로 제외해주기로 했다"고 설명했다.

세액공제 비율은 새누리당과의 협의를 거쳐 확정될 예정인데 10~15%가 될 것으로 보인다.

이 관계자는 "세금계산을 단순화시켜 보면, 35%의 소득세율이 적용되는 연봉 1억원 근로자의 경우 본인 교육비로 한해 1천만원을 썼다면 종전에는 1천만원을 뺀 9천만원을 과표로 삼아 세율을 적용해 세금을 산출했다"면서 "이렇게 되면 교육비 1천만원의 35%(소득세율)인 350만원의 세금이 줄어드는 혜택을 보게 된다"고 말했다.

그는 이어 "하지만 앞으로는 이 교육비 1천만원을 빼지 않은 소득을 기준으로 세액을 산정한 뒤 일정비율에 따라 세금을 감액한다"면서 "예를 들어 의료비 세액공제율 10%를 적용한다면 1천만원의 10%인 100만원을 산출세액에서 제외한다"고 설명했다.

단순 계산방식으로 연봉 1억원의 이 근로자는 교육비에 따른 세금 감액 혜택이 350만원에서 100만뭔으로 줄어든다.

최고세율(38%)인 과표 3억원 초과 근로자는 세금혜택이 더욱 축소된다.
반대로 과표기준으로 1천200만원의 연봉을 받는 서민들은 세금혜택 규모가 6%(소득세율)에서 늘어나는 효과가 있다.
세액공제로 전환하면 급여 인정액이 늘어나 과표기준은 높아진다.

국세청은 이와 관련 "과표기준이 1천200만원이라면 통상 연봉이 2천만~3천만원 구간이며, 4천600만원이라면 연간 6천500만원 정도 받는 근로자"라고 설명했다.

연봉 6천만원이라도 지금까지는 소득공제를 적용하면 과표구간이 4천600만원 이하여서 15%의 세율을 적용받았으나 앞으로는 과표기준이 4천600만~8천800만원으로 높아져 세율 24%를 적용받을 수 있다는 뜻이다.

정부는 또 올초 추진과정에서 논란 끝에 후퇴한 '종교인 과세'의 관철을 위해 각 교단관계자를 설득중이다. 원만한 합의가 이뤄지면 이번 세제개편안에 담을 예정이다.

구글과 애플은 내년부터 애플리케이션 오픈마켓에서 국내 소비자에게 앱을 판매한 뒤 부가가치세(10%)를 국세청에 납부하도록 관련 세제가 바뀐다. 이에 따라 부가세 수입은 연간 400억원 정도 늘어날 전망이다.

정부는 이와 함께 중소기업을 졸업하는 기업들의 세제지원이 한꺼번에 끊기지 않도록 단계적으로 세제지원을 축소하고 국외 근로자의 해외근로소득에 대한 비과세를 확대키로 했다.

개인택시 사업자는 차량을 구입할 때 부가가치세를 면제받는다.

문화 예술 창작지원을 위해선 문화예술 기부금에 대한 세제지원이 확대되고 미술품 구입시 즉시 손금산입 한도도 인상된다.

문화·관광시설 등 투자금액에 대한 세액공제 역시 인정된다.