◇`지역균형발전' 공공기관 혁신도시 이전시 세제지원 강화
    공공기관이 지역으로 이전할 경우 세제지원책도 마련됐다.

   당정은 수도권 성장관리권역에서 혁신도시로 이전하는 공공기관에 대해서는 법인세를 3년간 100%, 이후 2년간 50% 감면해주기로 했다.

   혁신도시로 옮기는 공공기관이 갖고 있던 부동산의 양도차익 법인세 과세도 5년 거치 5년 분할 과세 방식으로 연기해주기로 했다. 이런 혜택은 2015년 12월31일까지 적용된다. 과밀억제권역에서 혁신도시로 옮겨가는 공공기관과의 과세형평성을 강화하고 국가균형발전 촉진을 지원하기 위한 조치다.

   의료산업 경쟁력 강화를 위해 첨단의료복합단지에 입주하는 기업에 대한 세제지원방안도 새롭게 담았다.

   2013년 말까지 대구와 오송의 첨단의료복합단지에 입주하는 기업 가운데 보건의료기술사업 등 대통령령으로 정하는 사업을 하는 기업은 소득세와 법인세가 3년간 100%, 이후 2년간 50% 감면된다.

   정부는 애초 세법개정안에서 대도시 내 법인의 공장을 대도시 밖으로 이전할 때 공장 양도차익의 과세이연(5년 거치 5년 분할 과세) 특례를 주기로 했다. 하지만 국회 심의를 거치면서 지방 5대 광역시에서 수도권 지역으로 옮기는 경우는 제외됐다.

  
    ◇中企 고용창출투자세액공제율 합계 7%로 높여
    중소기업에 대한 고용창출투자세액공제율은 정부안보다 상향조정했다.

   기본공제율은 4%로 정부안과 같지만 추가공제율을 정부안(2%)보다 높여 3%로 책정했다. 기본공제율과 추가공제율의 합계는 7%로 정부안(6%)보다 1%포인트 늘었다. 중소기업의 일자리 창출노력에 대한 인센티브를 늘리려는 조치다.

   개인의 벤처기업 직접투자에 대해서는 소득공제율을 10%에서 20%로 높이고, 기존 종합소득금액의 30%였던 소득공제 한도도 40%로 상향조정했다. 창업 초기 벤처기업의 자금난을 해소하고 일자리 창출을 지원하기 위해서다.

   물류산업의 활성화를 위한 세제지원도 확대된다.

   1년 이상 영업한 중소기업이 자가물류시설을 팔 때 양도차익에 대한 법인세를 `3년 거치 3년 분할 익금산입' 방식으로 세금납부를 연기해주기로 했다. 이 조치는 2013년 12월31일까지 적용된다.

   제3자 물류비용 세액공제대상도 확대된다.

   정부안에서 각 과세연도의 제3자 물류 비중이 50% 이상이거나 해당 과세연도의 제3자물류비용이 전체 물류비용의 50%를 초과하는 경우 그 초과분에 대해 세액공제를 해주기로 했지만, 비중을 각각 30%로 낮춰 세액공제 대상을 늘렸다.

   제3자 물류는 기업이 물류업무를 전문업체에 위탁, 생산자와 판매자 사이에 전문 물류기업이 대행하는 방식이다. 정부는 세법개정을 통해 제3자 물류 전환을 위한 인센티브를 확대해 물류산업을 선진화한다는 계획이다.

   또 신기술창업전문회사에 대한 세제지원 방안에서 신기술창업전문회사를 중소기업기본법상 중소기업에 한정키로 했다. 카지노 매출액에 대한 개별소비세 과세조치에서 외국인 전용 카지노의 경우 과세를 2년간 유예해 2014년부터 물리기로 했다.

   이외에도 체납국세액 징수업무 민간위탁은 준비기간을 고려해 시행시기를 1년 늦춰 2013년 1월1일 이후 적용하기로 했다.

   설탕과 커피의 기본관세율을 인하하려던 계획을 일부 수정해 설탕은 세율을 35%에서 30%로 낮추고 커피는 8%를 유지하기로 했다.