인천지법 제1행정부(부장판사 신수길)는 3일 A교회가 교회는 '법인으로 보는 단체'에 해당하고 교회 소유 부동산에 대해서는 양도소득세를 부과하지 않아온 비과세관행이 있었다며 남인천세무서장을 상대로 낸 양도소득세 등 부과처분취소 청구를 기각했다.

 

재판부는 판결문에서 "원고가 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로서 법인으로 보는 단체의 승인을 얻어 고유의 사업자등록번호를 교부받았을 뿐, 부동산의 양도 당시 주무관청의 허가나 인가를 받아 설립된 바가 없었으므로 국세기본법에 정한 법인으로 보는 단체에 해당되지 않는다"고 밝혔다.

 

재판부는 이어 "국세행정의 관행이란 비록 잘못된 관행이라도 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 받아들여져 납세자가 그 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고 그러한 관행의 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다"고 덧붙였다.

 

재판부는 그러나 "제출된 증거만으로는 비과세관행이 존재했다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 원고의 주장은 이유 없다"고 기각 이유를 설명했다.

 

A교회가 인천 남동구에 있던 교회 명의의 토지를 2004년 4월 인천도시개발공사에 소유권이전등기를 마치자 남인천세무서는 이 교회에 부동산 양도로 인한 양도소득세 3천여만원을 부과했다.

 

그러자 이 교회는 자신의 교회가 수익사업을 영위하지 않는 비영리 내국법인이므로 직접 사용하다가 양도한 이 부동산은 양도소득세 등 조세부과의 대상에 해당하지 않으므로 과세 처분이 위법하며 설사 이 부동산이 양도소득세 부과대상이라 하더라도 당시 교회 소유 부동산에 대해서는 양도소득세를 부과하지 않아온 비과세관행이 있었으므로 과세처분이 위법하다며 처분취소 소송을 냈었다.