최근 분양권 보유자가 새 주택을 취득하고 2년내에 분양권을 양도할 때 주택이 비과세 요건을 갖춘 경우 분양권 양도차익에 대해 양도소득세를 부과할 수 없다는 국세심판원의 결정이 나왔다.<국심2005중1536, 2006. 6. 2>
국세심판원에 따르면 A씨는 1982. 6. 3 주택을 취득해 거주하다가 재건축사업으로 인해 2000. 5. 8  새로 주택을 구입했으며 재건축사업계획승인이 나자 2001. 7. 2 분양권을 양도했다.

이에 대해 관할 세무서는 입주권이 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 주택이 아니라며 입주권 양도가 일시적 1세대 2주택 보유자에 적용하는 1세대 1주택 비과세특례 대상에 해당되지 않는다며 양도소득세 1억4092만7960원을 부과하자 A씨가 심판청구를 제기했다.

국세심판원은 결정문에서 "A씨는 종전주택이 재건축사업계획이 승인됨에 따라 입주권을 취득했으며 새로 구입한 주택을 작업실과 주택 등으로 사용했음이 확인되고 입주권을 신주택 취득 후 2년 이내에 양도했음이 확인된다”고 밝혔다.

그러나 심판원은 "주택을 새로 취득하고 입주권을 양도할 당시는 주택이 이미 철거된 상태였고 새주택은 완공되지 않은 상태였다”며 "기존주택을 3년이상 보유한 이후 재건축승인으로 입주권을 취득한 것이며 새주택은 대체목적의 주택임이 확인된다”면서 "소득세법 시행령 제155조 제1항의 일시적인 1세대 2주택의 양도에 해당한다”고 판단했다.

그러므로 "양도소득세 비과세를 배제한 처분은 부당한 것으로 판단된다”고 처분청의 결정을 취소했다.

세무사신문 제439호(2006. 6. 16)