문제는 조세지출이 효과적으로 사용되고 있는지 평가하기 어렵다는 점이다.

일몰이 도래하는 조세지출에는 심층평가가 의무화돼 있지만 전체의 65.5%에 달하는 일몰 미적용 조세감면제도의 경우 심층평가가 임의 규정에 불과해 체계적인 관리가 이뤄지지 않고 있다.

조세지출과 재정지출을 통제하는 부처가 따로 있다 보니 동일한 대상과 분야에 대한 정책이 별도로 시행돼 중복되는 문제도 발생한다.

근로장려세제와 기초생활보장제도가 대표적이다. 두 제도 모두 저소득층의 소득과 자립을 지원하는 정책인 만큼 서로 연계돼 효과를 극대화해야 하지만 오히려 효과를 떨어뜨리는 경우도 있다.

조세지출은 특히 '과세기반 확보'라는 전체적인 조세정책 목표와도 어긋난다.

이에 따라 조세지출에 대한 점검이 강화돼야 한다는 지적이다.

이 연구위원은 "조세지출 관련 정보들이 제공되도록 해 이를 토대로 정책을 평가하는 구조를 확립해야 한다"면서 "동일한 정책목표를 추구하는 조세지출과 재정지출을 통합적으로 관리하기 위해서는 이를 포괄하는 데이터를 구축해 연계하는 것이 필요하다"고 밝혔다.

이 연구위원은 이어 "일몰 적용 조세지출뿐 아니라 모든 조세지출에 대해 정기적으로 평가를 받도록 감독을 강화해야 한다"고 주장했다.